El Consejo de Rectores defendió la autonomía universitaria y descalificó las acusaciones de falsificación de títulos, tildándolas de «señalamientos infundados» tras el informe de la Contraloría General de la República (CGR), que investiga 1.089 documentos presuntamente apócrifos. En su pronunciamiento, solicitaron atribuir las culpas al Ministerio de Educación y Ciencias (MEC).
El informe de la Agencia Nacional de Evaluación y Acreditación de la Educación Superior (Aneaes) también fue mencionado, destacando que 138.256 títulos de grado, en gran parte de carreras sin acreditación, fueron remitidos al Ministerio Público. El Consejo aseguró que la falta de acreditación no implica automáticamente la falsedad de un título o la comisión de delitos.
Los rectores se apoyaron en la Ley N.º 2072/2003, que establece que la participación en procesos de evaluación es voluntaria, excepto en ciertas carreras como Derecho, Medicina y Odontología. En cuanto al registro de documentos irregulares, el Consejo insistió en que corresponde al MEC, y argumentó que la inscripción de títulos falsos no implica responsabilidad para las universidades involucradas.
El Consejo afirmó que su prioridad es defender el prestigio institucional y que «la calidad se garantiza con rigor académico». Además, solicitaron a las autoridades que se diferencie entre carreras no acreditadas, carreras no habilitadas y títulos falsificados.
En un comunicado paralelo, el Consejo de Directores Generales de Institutos Superiores expresó su preocupación por lo que consideraron informaciones «incompletas y descontextualizadas», añadiendo que las irregularidades en la educación superior son excepcionales. También pidieron que se investiguen las denuncias con rigor técnico y respeto al debido proceso, manifestando su respaldo al Consejo Nacional de Educación Superior (Cones) y al Plan Nacional de Educación Superior.
